Sayıştay'ın, Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi 2025 yılı Denetim Raporu'nda, üniversite yerleşkesindeki yurt binalarının Türkiye Diyanet Vakfı'na ait iktisadi işletmeye bırakılmasının hukuki dayanağının bulunmadığı ve üniversitenin özel bütçesine gelir sağlama imkanını ortadan kaldırdığı belirtildi. Raporda ayrıca iki meslek yüksekokulunda kuruluşlarından bu yana eğitim faaliyeti yürütülmediği, üniversite yemekhanesinde ise öğrencilerden elden para alınarak turnike çalıştırılmadan giriş yaptırıldığı